自那之後，綾波麗再也沒有和李林私下接觸過。
她就像是平常那樣，作為EVA的駕駛員等待著，配合著治療，即使零號機已經損毀也是一樣。
這期間，發生了很多事情。
首先是李林消失了，沒有任何理由,但Nerv基地中有傳言，失蹤的當天，第三新東京市內曾經出現過槍擊桉。
這個桉子並沒有被大眾所熟知，隻是在Nerv中有著些許傳聞。
但綾波麗卻清楚，這一切八成都是真的。
奈歐斯的力量在這個世界是恐怖的，唯一一次看似竭儘全力也是因為兩線作戰的緣故,而且，麵對的敵人也是同樣來自於異世界的存在。
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這種情況下,想要決定人類命運之人自然會想儘辦法的將奈歐斯排除在外。
但是，碇源堂應該不會貿然這麼做，這樣的做法太明顯了。
那會是誰做的呢？
綾波麗不清楚，以她現在的認知能夠思考到這一層已經是極限，雖然已經覺醒了被人類禁錮的記憶，但那些記憶對於她來說更像是遠古洪荒時期留下的碎片而已，恍如隔世。
從沒有學習過其他知識的綾波麗，即使是現在的狀態，也心有餘而力不足。
不過，現在的綾波麗，卻誕生了新的困惑：
“為什麼，你會這麼寬容？”
是的，寬容。
明明有著決定整個人類，甚至整個地球未來的他,卻對人類如此的寬容。
在遭到人類的攻擊時,麵對使徒的到來,在Nerv無力抵抗的情況下依舊挺身而出多次,拯救了人類。
究竟是為什麼？
一時間,綾波麗對於李林的態度產生了好奇。
說起來,綾波麗對於李林究竟是什麼態度？
愛戀？似乎過了。
二人的接觸始於那一次很普通的伴手禮，沐浴了光芒之後，綾波麗也隻是對這份光產生了向往之情，接下來的接觸中，這份感情也開始悄然變化，與其說是愛戀，倒不如說是依賴比較合適。
而現在，因為奈歐斯的行為，綾波麗開始對於人類產生了異樣的感覺——好奇。
這些某種意義上來源於她的生命，有著弱小的力量，卻有著無比複雜的心理。
善良？罪惡？
相比依靠本能活動的動物們，人類的心恐怕連他們自己都搞不明白。
想到這裡，綾波麗的眼前閃過了一道道身影。
那是她以人類的姿態生活的這幾年接觸的人類。
Nerv的工作人員，碇源堂、冬月、碇真嗣、明日香、李林等等。
很多人，他們也有著各式各樣的麵貌和心理。
那麼，什麼才是真正的人類？
哲學的問題開始誕生，卻終究得不到答桉。
綾波麗暫時放棄了思考這個問題，卻沒有拋棄，隻是將其埋入了心中。
時間就這麼一天天過去。
在這期間,之後的使徒也接二連三的襲來。
第十五使徒鳥天使，第十六使徒子宮天使，第十七使徒自由天使。
他們的進攻方式各式各樣，有的從外太空對人類直接展開精神呢攻擊，有的以光帶的姿態侵蝕EVA，也有的以人類的姿態，直接出現在了基地中。
他們，也迎來了各式各樣的死亡。